急性胃腸炎の原因はウイルス性、細菌性、消化不良、薬剤性、炎症性腸疾患などがありますが、
ウイルス性が大部分を占め、基本的に水分補給と食事療法のみで自然治癒します。
また、細菌性であっても、通常は同様に自然治癒し抗菌薬は不要です。
特殊な場合を除き、抗菌薬が治癒を早めるという根拠はありません。
また、上気道炎などで抗菌薬を処方された小児の10%に下痢が見られたという報告もあります。 脱水が強く水分が経口摂取できない場合、高熱が数日以上持続する場合、血便が伴う場合、 意識障害を伴う場合などで、 特定の細菌性腸炎が疑われる場合は、抗菌薬治療が必要な場合があります。