DNAがコードするのは20種類の α-L-アミノ酸
自然界には，アミノ酸は500種以上存在する
必須アミノ酸----人は，8種類を合成できないし，2種類は十分な量を合成できない．
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| 図 8.1 フィッシャーの投影法によるL-アラニン | 図 8.2 アミノ基を左，カルボキシル基を右にしたL-アラニン．メチル基(アルキル基)が手前の下になる |
タンパク質はアミノ酸の重合体であるが，タンパク質のアミノ酸シーケンスは，通常アミノ基のN末端を左に書き，カルボキシル基(C末端)を右に書く．上に水素，下にアルキル基になるが，水素とアルキル基は手前にでている構造になる．
アラニンを示すいくつかのモデル
アミノ酸の構造式は，化学系の本では左のように，生物系の本では右のようにそれぞれ書いてある．化学系では固体状態や水溶液では広い範囲のpHを扱う．生体内では，中性付近の水溶液でイオンしている状態を主に扱う．
アミノ酸は水溶液中で，溶液のpHによってイオン化の状態がかわる
アミノ酸の電離によって生じる正電荷と負電荷の数が等しくなるpHを等電点(pI)と呼ぶ．
等電点は，2つの酸解離指数の平均値で求められる
pKa1 + pKa2
pI =
2
側鎖にカルボキシル基のあるグルタミン酸は，pKaが3つあるアミノ酸
等電点(pI)は，<正電荷と負電荷の数が等しくなる状態の左右の pKaの平均となる．BR>
pKa1 + pKa2
pI =
2
問い
側鎖にアミノ基のあるリシンでは，等電点(pI)は，どうなるか
酸性
中性
アルカリ性
親水性
疎水性
- ニンヒドリン
アミノ酸とニンヒドリンが反応すると紫色に発色する．pH 5ぐらいがよい．
すべてのアミノ酸と反応し，発色する．570 nm での吸収を測定するが，プロリンとヒスチジンは，それぞれ黄色と青色になる．
- タンパク質の分解
タンパク質に濃硫酸と触媒(CuSO4,K2SO4)を加え加熱すると，タンパク質のアミノ酸は，アンモニアまで分解され，硫酸アンモニウムとなる．
溶液を水酸化ナトリウムでアルカリ性とし，遊離するアンモニアを水蒸気蒸留で分離し，既知モル数の硫酸で吸収する．そののち，中和滴定すると全タンパク質として算出できる(ケルダール法) - タンパク質の加水分解
6 M の塩酸溶液に溶解し，酸素除去の後，110℃で24時間加熱すると，タンパク質のアミド結合が加水分解して，アミノ酸に分解する．
ただし，システインとメチオニンは，過ギ酸による酸化の後，加水分解する．
トリプトファンは，水酸化バリウム(あるいはナトリウム)による加水分解
アミノ酸の分析は，液体クロマトグラフ(ポストカラム)が一般的
- タンパク質のN末端からの分解 (シーケンスの分析)
タンパク質のN末端のアミノ基とフェニルイソチオシアネートを反応させた後，限定的分解をして，アミノ酸を一つだけ切り出す．
(エドマン法)
- ペプチド結合(アミド結合)
カルボキシル基とアミノ基で脱水縮合する反応でアミド基
アミド結合部は，回転できなくなるので，タンパク質の立体構造の安定性に寄与する
食品中のアミノ酸組成
制限アミノ酸 基準タンパク質に含まれる必須アミノ酸とくらべて，最も割合の低いアミノ酸
スコアリングパターン
| アミノ酸 | mg/g | |
| イソロイシン | 40 | |
| ロイシン | 70 | |
| リシン | 55 | |
| メチオニン, シスチン | 35 | |
| フェニルアラニン チロシン | 60 | |
| スレオニン | 40 | |
| トリプトファン | 10 | |
| バリン | 50 |