2004年11月11日、「3名を原職に復帰させなければならない」とする兵庫県地労委の「命令書」が送達されてきた。この兵庫県地労委平成15年（不）第5号事件本四海峡バス不当労働行為救済申立事件は、最高裁決定（2003年2月27日付）により「解雇無効」が確定した全港湾組合員3名に、会社が「出社に及ばず」と就労を拒否したうえ、働かないのだからと基準内賃金のみのを支払い続けている事に対し、全港湾が、この会社の行為は、全港湾を嫌悪した明らかな不当労働行為であり、3名の原職復帰と未払い賃金（仕事に従事し
ていれば得られる賃金と基準内賃金との差額）および、平成15年3月3日に申し入れた「3名の原職復帰の条件」などを議題とする団交の速やかな開催と実質「使用者」にあたる海員組合と会社の全港湾神戸支部の活動に対する支配介入の禁止、さらに、これらの行為に対する陳謝・誓約文の手交を求めた救済申立事件である。
兵庫地労委は、この紛争について「会社が全港湾神戸支部との労使関係の確立を頑なに認めないことに起因する」と明断したうえで、「本件自宅待機措置及びそれにともなう賃金減額措置は、会社が分会の結成及び組合活動を嫌悪して行った不利益扱いでれあるとともに、分会の弱体化を意図してなされた全港湾神戸支部に対する支配介入行為に当たるというべきである」としました。しかし、海員組合の「使用者性」については、神戸地裁と大阪高裁で「海員組合は使用者にあたる」とされているにもかかわらず、前回（兵庫県地労委平成１２年（不）第１５号事件）と同様に「海員組合は使用者にあたらない」とし、兵庫地労委の姿勢に問題を残すところとなっている。
会社は全港湾の「地労委命令履行」の申入れに対し、「海員組合との関係があり、３名を職場に戻す事は、会社の立場上できない」との旨の返答に終始した。現在会社は「この命令が不服である」と、中労委へ再審査を申立てているが、労働委員会命令は再審査を申立ても命令の履行義務が停止しない。会社は、ここでも違法行為を積み重ねるという愚行におよんでいる。
