2001年1月31日午後3時55分頃、羽田発那覇行き日本航空（日本航空インターナショナルの前身）907便ボーイング747-400D（JA8904）と韓国・釜山発成田行き日本航空（日本航空インターナショナルの前身）958便DC-10-40（JA8546）が、静岡県焼津市上空37000ftを飛行中ニアミスを起こし、907便は衝突回避のため急降下した。
この事故で907便の乗員16名、乗客411名、計427名のうち、5名が重傷、37名が軽傷を負った（後の国土交通省の調査で軽傷者数が大幅に増加し重軽傷者数は100名となった）。958便の乗員13名、乗客237名、計250名は全員無事であった。
ニアミス後、907便は羽田空港に引き返し、午後4時44分羽田空港に到着した。958便は午後4時32分に目的地の成田空港に到着した。国土交通省は本件を航空事故に指定した。
907便は午後3時36分、羽田空港を離陸し、事故直前は焼津市付近を南に針路を取り、巡航高度39000ftに向けて上昇中であった。一方958便は、目的地である成田も間近に迫りつつあり、東京航空交通管制部から降下の指示が出るのを待ちながら、東に針路を取り高度37000ftを水平飛行中であった。東京航空交通管制部の管制官は、ニアミスの約50秒前に管制卓のコンフリクトアラーム（ニアミスの警告システム）が作動したため、958便を降下させて高度差をつけて回避しようとしたが、本来958便に出すべき35000ftへの降下の指示を誤って907便に出し、907便は降下を開始した。直後に907便と958便の双方に登載されているTCAS（航空機衝突防止装置）が作動し、958便のパイロットはこの警報に従い降下を開始した。907便のパイロットは管制の指示はニアミスを回避するためのものと感じ、自機のTCASは「上昇」を指示していたが、管制を信じて降下を続けた。東京航空交通管制部では、担当管制官を指導していた別の管制官が事態の悪化に気付き、907便に上昇、958便に降下を指示しようとした。その際管制官は907便を957便と言い間違えた。958便ではTCASの警報が「降下」からさらに急降下を要する「降下率増加」に変わり、指示通り降下率を増加させた。907便の機長は眼前の958便に衝突の危険を感じ、急降下を決断し、一方958便の機長も同様に衝突の危険を感じて降下を止め上昇に転じた。907便は958便の僅かに下をかすめて交差した。
最接近時の両機の距離は水平方向に105mから165m、高度差20mから60mとされ、極めて危険な状態にあった。
2002年7月12日、国土交通省航空・鉄道事故調査委員会は事故調査報告書を公表した。報告書によると、東京航空交通管制部のコンフリクトアラームが作動した際、訓練中の管制官が便名を取り違えて907便に降下を指示。監督していた管制官も誤りに気付かなかった。直後に907便のTCASは上昇の指示を出したが、機長は管制の指示に従った。一方、958便は自機のTCASの降下の指示に従ったためにニアミスが発生したとし、主原因が管制官のミスにあり、これにTCASの運用規定の不備が競合したものであることを示した。
事故調査委員会は、ICAOに対し管制官の指示とTCASの指示が矛盾した場合の対応についてTCASを優先させることを国際規定に盛り込むように改訂することを勧告するとともに、国土交通大臣に対しては運航規定の改訂とともに、TCASの作動状況が管制側のレーダースクリーンに表示できるシステムの開発と管制官の教育訓練の強化などを勧告した。
管制官の指示とTCASの指示が矛盾した場合の対応については、既にアメリカ、イギリスの航空当局の運航規定ではTCASに従うことが明記されている。
ICAOは、2002年7月の国土交通省航空・鉄道事故調査委員会からの上記勧告を受け、審議の結果2003年9月にその旨規定を改正することを決定し、2003年11月27日から適用した。これまで、航空管制とTCASの指示が異なる場合の対応は国によって異なっていたが、この改正により、国際ルールとして確立された。
2002年7月1日にドイツで発生したバシキール航空機とDHL航空機の空中衝突事故は本件と同じく管制官の指示とTCASの指示の矛盾により発生しており、本件の教訓は間に合わなかった。
2003年5月7日、警視庁捜査1課、警視庁東京空港署捜査本部と千葉県警の合同捜査本部は、国土交通省東京航空交通管制部の管制官2名（担当していた管制官と指導していた管制官）と907便の機長を業務上過失致傷と航空危険行為処罰法違反（過失犯）の容疑で東京地方検察庁に書類送検した。警視庁と千葉県警では、ニアミスにより負傷した乗客のうち57名が被害届を提出したのを受けて、合同捜査本部を設置し捜査を行っていた。 ニアミスで機長や管制官が書類送検されたのは本件が初めてであった。
容疑の内容は、担当管制官については、担当空域の全航空機の飛行状況を把握し、航空機同士の接近、衝突を防止する注意義務がありながら、958便に出すはずの降下指示を誤って907便に出した過失があり、指導管制官については誤った降下指示が907便に出されたことに気付かなかった過失があり、907便の機長については、TCASに従った操作で相手機との接近、衝突を未然に防止する注意義務がありながら、TCASの上昇指示に反し、管制の指示に従い降下させた過失があったとしている。合同捜査本部は管制官2名と907便の機長の双方の過失が競合してニアミスが発生し、その回避操作に伴う機体の揺れで907便の乗客乗員に重軽傷を負わせたとしている。
容疑について管制官2名は認めたが、907便の機長は、TCASに従い上昇すると失速する危険があると考え、管制官の指示に従ったのであり判断は正しかったとして否認した。
また、日本航空も操作に注意義務違反があったとはいえないとのコメントを発表し、機長の過失を否定した。
907便の機長については、管制官の誤った指示に従ったことで発生した事故の責任を問えるかが合同捜査本部の捜査上の焦点となっていたが、誤った指示を受けた後でも機長自身の判断で事故を回避できる可能性があり、管制官と機長の過失が競合していると判断し、907便の機長も書類送検の対象とした。
本件について書類送検が行われたことが、今後、乗員等の事故関係者が刑事責任を問われることを恐れ、自己に不利な証言を拒みあるいは隠すようになるなど、事故調査への障害を顕在化させ、ひいては有効な再発防止策が立てられなくなり、航空の安全にとって大きなマイナスの要素となることを多くの航空関係者が憂慮した。
不備のあるTCASの運用規程に基づいて、管制官の指示を優先した機長の判断が過失を構成するとした本件における警察側の判断は、事故原因調査と刑事責任追及のための捜査が本質的に異質なものであることを明白に示した。法令・規則の瑕疵がもたらした結果を機長ひとりの責任に転嫁しても何の解決にもならないこと、関係者を処罰したところで原因は除去されないまま残り、次に同じ罠にはまる者を待ち構えているということを決して忘れてはならない。
書類送検を受けて東京地方検察庁は、2004年3月30日、便名を間違えて回避指示を出し両機を逆に接近させたとして、業務上過失傷害罪で国土交通省東京航空交通管制部の管制官2名を在宅起訴した。誤った管制官の指示に従い、TCASの指示に反して操縦した907便の機長については、管制官の指示を信頼しており、過失は認定できないとして嫌疑不十分のため不起訴処分とした。
ニアミスで管制官の刑事責任が問われたのは本件が初めてであった。