1991年4月、経営困難に陥った西瀬戸エアリンクの事業を日本航空（現日本航空インターナショナル）の100％出資の子会社であるジャルフライトアカデミー株式会社が継承し、5年間のパイロットビジネスとして、同社の事業本部の形式で再編された。機材・路線とも西瀬戸エアリンクのものをそのまま引継ぎ、バンデランデで広島（現広島西）−松山、広島−大分の運航を開始した。しかし、バンデランデでは計器飛行が出来なかったため、1991年9月に19名乗りのジェットストリーム・スーパー31を導入した。1995年に再び5年間のパイロットビジネスの継続が決定した際、路線を助成金で支えるコミューター関係地方公共団体協議会（2001年3月解散）からの独立が求められたため、1996年8月8日株式会社ジェイエアが設立された。
親会社である日本航空の戦略子会社として、B737クラスより小規模のマーケット、あるいは多頻度運航が望ましい中規模マーケットなどへの展開を目指している。機材面では2001年に50名乗りのCRJ200の導入を行った。
2005年、本社を広島西飛行場（広島県西区）から中部国際空港開港以降コミューター専用空港になった県営名古屋空港（愛知県豊山町）に移転し、今後は高収益路線への展開も図る予定である。
これまでの使用機材