1999年1月29日、株式会社フェアリンクとして設立された。大手航空会社を中心に進む合理化・路線再編により、減便や撤退の危機に晒されている地方路線を小型ジェット機を用いて運航することにより採算化し、地方経済の非活性化を抑止し、ひいては活性化に貢献するとともに、既存各社の路線再編の受け皿となることを主な事業目的としている。
機材面では、2000年7月に、自社フリート1号機としてCRJ-100（JA01RJ）をラウダ航空（本社：オーストリア）から購入、8月7日には、仙台−関西間で運航を開始し、12月には1号機に続いて2号機（JA02RJ）をラウダ航空から購入した。2002年3月には同社初の新造機である3号機を、6月には4号機をカナダ・ボンバルディア社から受領した。路線面では2001年4月に広島西空港、鹿児島空港を路線網に加えたのを皮切り、2002年4月には仙台空港、伊丹空港、札幌空港、2003年4月には松山空港、2003年8月には広島空港、2003年9月には大分空港と就航地を増やし、着実に事業を推進している。
既存航空各社、とりわけ強大な国内線路線網を誇る全日空との良好な関係の維持が、同社の事業目的達成への鍵である。なお、同社は現在、運航・整備のノウハウの提供や航空券の販売、チェックイン業務等に関して全日空から協力を受けるなど密接な関係にある。2002年4月には、全日空とのコードシェアであるANA Connectionを開始し、2003年11月には、ANA Connection便を対象にユナイテッド航空とのコードシェアも開始した。
2004年10月1日に、社名をアイベックス（IBEX）エアラインズ株式会社に変更した。IBEXは、筆頭株主となった株式会社日本デジタル研究所が発売しているソフトウェアのブランド名で、企業としてのブランドを統一するために社名変更に踏み切った。
これまでの使用機材