1999年7月23日、午前11時25分頃、羽田から新千歳空港に向かっていた全日空61便ボーイング747-400（JA8966）が、羽田空港を離陸（離陸時刻午前11時23分）直後に、アッパーデッキ前方に座っていた元鉄道会社職員の男（28）にハイジャックされた。男は客室乗務員に包丁を突きつけ脅迫し、コックピット内に入り込み、副操縦士を追い出したうえ、機長(51)に横田基地に向かうことを要求した。さらに同人は自分に操縦させることを機長に要求し、拒絶されたため、機長を刺殺した。その後同人は、自動操縦を解除し自身で操縦を始めるが、高度の異常な低下（高度約1000ftまで低下）に気づいた副操縦士と偶然乗り合わせた非番の機長が、乗客らとともに、コックピットに突入し、午後0時過ぎ、東京都昭島市上空を飛行中同人を取り押さえた。同機は午後0時14分、羽田空港Ｂ滑走路に着陸した。同人は、午後0時35分、機内で警視庁の捜査員にハイジャック防止法違反の現行犯で逮捕された。同機には乗客503名、乗員14名、計517名が搭乗していたが、機長以外は無事であった。ハイジャックで死者が出たのは日本の航空史上初めてであった。
同人は事前に羽田空港の保安体制の不備を指摘する手紙を羽田空港など関係各所に送付しており、そこに指摘した不備を突いて犯行に及んだ。
殺人、ハイジャック防止法違反（ハイジャック致死）、銃刀法違反などの罪で起訴された同人に対し、2005年3月23日、東京地方裁判所は、「わが国犯罪史上類を見ない危険かつ悪質なハイジャック事案で、航空機の安全な航行に対する社会的信頼を損なった」「自分の勝手な欲望のために機長の命を奪い、５００人以上の乗客らの生命を害する大惨事を引き起こした可能性も高く、極刑もやむを得ない」としながらも「抗うつ剤などの影響により、犯行当時、そう状態とうつ状態の混合状態で、心神耗弱の状態にあった」として無期懲役の判決を下した。本件では、法定刑が死刑か無期懲役のハイジャック致死罪が初適用された。
公判では刑事責任能力の有無が争点となり、弁護側は心神喪失か心神耗弱を主張し、検察は完全責任能力があるとして無期懲役を求刑していたが、公判中に2回行われた精神鑑定では、1回目がアスペルガー障害、2回目が心神耗弱との結果が出ていた。
弁護側、検察双方とも控訴せず判決が確定した。
なお、判決では、動機と目的について、同人はハイジャックで空港警備の欠陥を指摘し、横田基地に飛行機を着陸させた後、自殺しようと計画していたとしている。