2007年6月27日午後9時10分頃、千歳発羽田行きスカイマーク730便ボーイング767-300（JA767F）が、新千歳空港A滑走路で離陸のため滑走を開始し、時速約170kmに達した時、滑走路の前方を羽田発千歳行き全日空79便ボーイング777-200が横断しようとしているのに機長が気づき、離陸を中止して急ブレーキをかけて停止した。停止した際両機の間隔は1000m以上空いていた。
スカイマーク機の乗員乗客計158名、全日空機の乗員乗客計246名ともに全員無事であった。
スカイマーク機は離陸の許可を受けており、全日空機も隣の滑走路に着陸後駐機場に向かうところで横断の許可を受けていた。両機には同じ管制官が指示を出していた。同空港の管制業務を国土交通大臣の委託を受けて担当している航空自衛隊は、千歳基地の管制官が誤った指示をしたことを認めた。国土交通省は、航空自衛隊による同空港での管制に対して、マニュアルに従った業務が行なわれているかなどを調査する特別監査を6月29日以降実施した。
スカイマーク機は定刻の1時間15分遅れで再度出発した。
国土交通省・航空鉄道事故調査委員会は本件を重大インシデントに指定した。