2003年8月9日午後0時43分頃、鹿児島発与論島行き日本エアコミューター31便YS-11が着陸進入中、与論空港の北東約30Kmの上空約1430mで小型単発プロペラと異常接近した。
日本エアコミューター機機長が国土交通省に報告したところによると、小型単発プロペラ機は日本エアコミューター機の左前方から接近し、左上を通過、後方に抜けた。最接近時の距離は、水平方向に約200m、垂直方向に約45mであった。
日本エアコミューター機は進入を継続し予定通り着陸した。乗員乗客70名は無事であった。異常接近発生当時は視界約10Kmで天候は良好であった。
日本エアコミューター機のコクピットではTCASが作動したが、切迫した衝突の危険性がないとの判断から、回避操作は行わなかった。国土交通省は本件を重大インシデントに指定した。