library(qtl)								#ライブラリー起動
testmap <- read.cross("csvr", file="IN-RIL.csv", estimate.map=FALSE)	#データ読み込み
testmap <- convert2riself(testmap)					# RI selfとしてデータを処理する
summary(testmap)							#交配タイプ、個体数、マーカー数、表現型数、を確認する

plot.rf(testmap, alternate.chrid=TRUE)　 #マーカー間連鎖の確認

plot(testmap)　#欠損データ、連鎖地図、形質別ヒストグラムを表示				

#欠損データ
plot.missing(testmap)		#欠損データをプロットする

par(mfrow=c(1,2), las=1)
plot(ntyped(testmap), ylab="No. typed markers", main="No. genotypes by individual")
plot(ntyped(testmap, "mar"), ylab="No. typed individuals", main="No. genotypes by marker")

#分離比
gt <- geno.table(testmap)
 gt[gt$P.value < 0.05/totmar(testmap),]

#連鎖地図
summary.map(testmap)