ラビットカー･スタイルから近鉄マルーン色時代に入り、６０００系にも様々な手が加えられるようになりました。特にスタイルを大きく変えたのは１９７０年代後半から始まった冷房化改造でしょう。その後も車体更新工事や２色塗化等を経て元６９００系グループは１９９７年以降に引退(電装部品は他系列の養老線転出車へ転用)、残った編成のうち最後まで６０００系を名乗った６００９Ｆが６８２０系の登場と入れ替わりに引退した他は養老線へ転出、再改造により１Ｍ２Ｔ化されているものの現在も同線主力車として活躍しています。

　モ６００１･６００３−モ６００２･６００４＋ク６１０１･６１０３＋ク６１１１･６１１２：近鉄マルーン１色に標準化された頃の６００１Ｆ・６００３Ｆです。外観上は塗色以外、ラビット･カー時代とほとんど変わりありませんが、モ６０００(偶数車)とク６１０１〜６１０４の運転台機器はこの頃までにほとんどが撤去されていたようです。

　モ６００１･６００３−モ６００２･６００４＋ク６１０１･６１０２＋ク６１１１･６１１２：１９７７年から冷房化改造がはじまりました。この時ボディ自体はクーラー搭載による補強以外、痛んだ部分のみ補修を行っただけのようです。またパンタグラフもＰＴ４２タイプに換装されています。ちなみに元６９００系と同年代の車両でこの時代に冷房化改造をうけたグループはまだおらず、後に大阪線１４８０系や名古屋線１６００系が冷房化改造を施されたのはこの編成の改造実績がモノを言ったからかもしれません。

　モ６００１･６００３･６００５−モ６００２･６００４･６００６−サ６１０１〜６１０３−ク６１１１〜６１１３：本格的な車体更新工事が施された頃のスタイルです。モ６０００(偶数車)やク６１０１〜６１０４の運転台や乗務員扉は完全に撤去され、その跡には客室窓とほぼ同じサイズの大型固定窓が設置されました。(座席の延長は行われなかったのでこの部分は立席スペースが広がっていました｡)

　モ６００１･６００３･６００５−モ６００２･６００４･６００６−サ６１０１〜６１０３−ク６１１１〜６１１３：２色塗化された活躍末期の頃のスタイルです。引退直前はあべの橋−吉野間急行運用によく入り、豪快な走行シーンを目にすることが多かったです。

　モ６００９−モ６０１０＋サ６１５１＋ク６１０５：当初から６０００系として登場した編成の近鉄マルーン１色に標準化された頃のスタイルです。

　モ６００９〜１３−モ６０１０〜１４＋サ６１５１〜５３＋ク６１０５〜０７：冷房化の後に車体更新工事を施された頃のスタイルです。側面の種別＆行先表示幕窓は現在のそれと比較して角のたった武骨なものでした。

　モ６００９〜１３−モ６０１０〜１４＋サ６１５１〜５３＋ク６１０５〜０７：２色塗化された活躍末期の頃のスタイルです。後にこのグループは６００９Ｆを除き再改造を施されて養老線へ転出、現在も同線で主力車として活躍しています。

　モ６０１５−モ６０１６＋ク６１０８：６０００系グループの中で最後まで３連として活躍した編成です。

　モ６０１７−モ６０１８＋サ６１０９＋ク６１１４：冷房化改造を受けるまでは３連＋Ｔｃと６０００系グループで少し違ったスタイルを誇っていた編成です。ちなみに他の３連車が検査入場した時はまれにこの編成からク６１１４を抜いた基本３連で運用に入ることがありました。その為ク６１０９には連結面下に電気連結器が、車掌室下にはク６１１４連結用のジャンパ栓が両方装備されていました。しかも冷房化＆中間Ｔ車化された後にサ６１０９は６０２０系６０３７Ｆに編入され４連化、加えて同編成と共に養老線へ転出と数奇な運命を経て現在も同線で健在です。