奈良高畑教会は1922年（大正11年）秋にリンドストロム宣教師夫妻が奈良の地に足を踏み入れたところから始まります。

翌年に奥村要平牧師が加わって、本格的な伝道が開始され、1923年（大正12年）冬にアライアンス教会として正式に発足しました。
1936年（昭和11年）に現在の地（上高畑町）に日本奈良協同教会として献堂式が行われました。

1941年（昭和16年）に日本基督教団奈良高畑教会となりました。
以後、歴代の牧師と信徒たちの働きにより今日に至りました。
　現在の会堂は1991年（平成３年）11月に献堂されたものです。

2003年は宣教８０周年記念の特別伝道礼拝を歴代の牧師を迎え、多くの信者が集い守ることが出来ました。またその足跡を記した８０周年記念誌を発行できました。

2015年には教会から少し東に牧師館・第二礼拝堂
が与えられました。