本門法華宗の大本山で、卯木山と号し、日像上人を開基とする。永仁２年（１２９４）に、柳屋仲興入道妙蓮法尼が、日像上人に帰依して、西洞院五条の邸を寺に改め、柳寺と称したのがこの寺のはじめで、永亨年間（1429〜1440）に、日存・日道・日隆・日慶らが、大宮通四条下るに伽藍を移築造営し、妙蓮寺と改めた。
その後、たびたび寺地をかえ、天正15年（1587）豊臣秀吉の聚楽第造営のとき、今の地に移った。現在の建物は、天明の大火（1788）後の再建である。
玄関・奥書院の襖絵は、長谷川等伯一派の筆といわれる濃彩の金碧画。
庭内の奇石は、臥牛石と言われ、秀吉が寄進したものと伝えられる。なお、寺宝には、本阿弥光悦の筆になる日蓮の立正安国論写本（重文）などがある。ちなみに、毎月12日には楽市楽座と呼ばれているフリーマーケットが開かれていて、賑わっている。
境内には、秋から春にかけては、御会式桜（おえしきざくら）が咲き続け、冬から春にかけては、銘木・妙蓮寺椿が咲き、５月はつつじ、８月〜１０月は、芙蓉や酔芙蓉が境内を彩ります。（境内無料）
ＤＡＴＡ
住所：上京区寺ノ内通堀川西入ル
拝観：境内自由、方丈・庭500円、
収蔵庫＋300円
時間：10時〜16時
電話：075-451-3527
休日：毎週水曜日、年末年始
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