この山門は、天命の大火 天明８年（１７８８）で消失した後、文政元年（１８１８）に禁裏（御所）より拝領したもので、両袖（小門が両方についている）番所付きは、稀に見る格式高いものです。御所塀といわれる横５本の白漆喰の線が入った塀も、禁裏から許されないと、建造できなかったようです。
山門は薬医門と呼ばれ、通常前側２本、後ろ側２本の４本の柱で屋根を支えるのですが、薬医門は屋根の中心が棟の中央に位置せずに、やや前方にきます。
そのため、前方の柱が太く加重を支える構造になります。
妙蓮寺の薬医門は２丈６尺（約８ｍ６０ｃｍ）の大きな門です。
（後方）
（前方）
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