守山市の南部。

近世初期まで東国から中山道―金森―志那（支那街道）より湖上から大津―京都への要路のまちで、古くは吉野より白鳳７年４月に祭神を向えた金神社があります。

祭神（金山毘古神）を祭る寺院には、真宗で存如、蓮如上人の弟子道西が開いた道西坊、金森御坊がある真宗史上名高いまちです。

境内に鎌倉期の傑作石造宝塔（重要文化財）１基が往時のまま残っています。

蓮如上人は湖南地域の真宗の教化（真宗大谷派　善立寺、因宗寺）のため金森に三年間滞在し、その間ここを活動拠点としました。

当時より御坊で行われてきた行事の苦菜会などは、今も伝承行事として継承されています。

又、信長軍との抗戦、一向一揆、楽市楽座指定等が有名です。

野洲川の旧河道沿いに位置し、周辺には５ヶ所の湧水池があったほか、主要河川が３川あり、生活用水、農業用水には恵まれた環境にありました。
現在は、本郷の外郭地域は団地等の住宅が広がっており、都市化が著しくなっています。
また、主要街路の整備（土地区画整理）事業が進行中です。そのような状況の下、金森の特性を生かして歴史と自然が調和したまちづくりをめざしています。
水が枯渇したかつての湧水池を整備し、固有種であるハリヨを飼育しています。
また、2000年以降、ゲンジボタルが金森川筋で毎年増加しており、さらに2002年から主要河川改修事業（「ほたるの棲むまち」）に取り組んでいるところです。