研究機関（医農理工系）
| 省庁 | 独立行政法人名 | 団体略称 | 備考（旧名称等） |
|---|---|---|---|
| 総務省 | （独）通信総合研究所 | CRL | 旧郵政省通信総合研究所 |
| 総務省 | （独）消防研究所 | NRIFD | 旧自治省消防庁施設等機関 |
| 財務省 | （独）酒類総合研究所 | − | 旧大蔵省国税庁醸造研究所 |
| 文部科学省 | （独）物質・材料研究機構 | NIMS | 旧科学技術庁金属材料技術研究所及び無機材質研究所 |
| 文部科学省 | （独）防災科学技術研究所 | NIED | |
| 文部科学省 | （独）航空宇宙技術研究所 | NAL | 旧科学技術庁航空宇宙技術研究所 |
| 文部科学省 | （独）放射線医学総合研究所 | NIRS | 旧科学技術庁放射線医学総合研究所 |
| 厚生労働省 | （独）国立健康・栄養研究所 | − | 旧厚生省国立健康・栄養研究所 |
| 厚生労働省 | （独）産業安全研究所 | NIIS | 旧労働省産業安全研究所 |
| 厚生労働省 | （独）産業医学総合研究所 | − | 旧労働省産業医学総合研究所 |
| 農林水産省 | （独）農業技術研究機構 | NARO | |
| 農林水産省 | （独）農業生物資源研究所△ | NIAS | |
| 農林水産省 | （独）農業環境技術研究所 | NIAES | 旧農林水産省農業環境技術研究所 |
| 農林水産省 | （独）農業工学研究所 | NIRE | 旧農林水産省農業工学研究所 |
| 農林水産省 | （独）食品総合研究所 | NFRI | 旧農林水産省食品総合研究所 |
| 農林水産省 | （独）国際農林水産業研究センター | JIRCAS | |
| 農林水産省 | （独）森林総合研究所 | FFPRI | 旧農林水産省林野庁森林総合研究所 |
| 農林水産省 | （独）水産総合研究センター | FRA | 旧農林水産省水産庁研究所 |
| 経済産業省 | （独）産業技術総合研究所 | AIST | 旧通産省試験研究機関 |
| 国土交通省 | （独）土木研究所 | PWRI | 旧建設省土木研究所 |
| 国土交通省 | （独）建築研究所△ | BRI | 旧建設省建築研究所 |
| 国土交通省 | （独）交通安全環境研究所 | NTSEL | 旧運輸省交通安全公害研究所 |
| 国土交通省 | （独）海上技術安全研究所 | NMRI | 旧運輸省運輸技術研究所 |
| 国土交通省 | （独）港湾空港技術研究所 | PARI | 旧運輸省港湾技術研究所 |
| 国土交通省 | （独）電子航法研究所 | ENRI | 旧運輸省電子航法研究所 |
| 国土交通省 | （独）北海道開発土木研究所 | CERI | 旧開発土木研究所 |
| 環境省 | （独）国立環境研究所 | NIES | 旧環境庁国立環境研究所 |
研究機関（人文・社会系）
| 省庁 | 独立行政法人名 | 団体略称 | 備考（旧名称等） |
|---|---|---|---|
| 文部科学省 | （独）国立特殊教育総合研究所 | NISE | |
| 文部科学省 | （独）国立国語研究所 | NIJLA | |
| 文部科学省 | （独）文化財研究所 | − | |
| 経済産業省 | （独）経済産業研究所 | RIETI | |
その他の技術系機関
| 省庁 | 独立行政法人名 | 団体略称 | 備考（旧名称等） |
|---|---|---|---|
| 農林水産省 | （独）農林水産消費技術センター | − | |
| 農林水産省 | （独）種苗管理センター△ | NCSS | |
| 農林水産省 | （独）家畜改良センター | NLBC | |
| 農林水産省 | （独）肥飼料検査所 | − | |
| 農林水産省 | （独）農薬検査所 | − | |
| 農林水産省 | （独）林木育種センター☆ | FTBC | |
| 農林水産省 | （独）さけ・ます資源管理センター△ | − | |
| 経済産業省 | （独）製品評価技術基盤機構 | NITE | |
| 国土交通省 | 自動車検査（独） | − | |
情報・資料館
| 省庁 | 独立行政法人名 | 団体略称 | 備考（旧名称等） |
|---|---|---|---|
| 内閣府 | （独）国立公文書館 | − | |
| 総務省 | （独）統計センター | − | |
| 文部科学省 | （独）国立科学博物館 | − | |
| 文部科学省 | （独）国立美術館 | − | |
| 文部科学省 | （独）国立博物館 | − | |
| 経済産業省 | （独）工業所有権総合情報館 | NCIPI | |
学校・研修機関
| 省庁 | 独立行政法人名 | 団体略称 | 備考（旧名称等） |
|---|---|---|---|
| 文部科学省 | （独）教員研修センター | − | |
| 農林水産省 | （独）農業者大学校 | − | |
| 農林水産省 | （独）水産大学校 | − | |
| 国土交通省 | （独）海技大学校 | − | |
| 国土交通省 | （独）航海訓練所 | − | |
| 国土交通省 | （独）海員学校 | − | |
| 国土交通省 | （独）航空大学校 | − | |
会館
| 省庁 | 独立行政法人名 | 団体略称 | 備考（旧名称等） |
|---|---|---|---|
| 文部科学省 | （独）国立オリンピック記念青少年総合センター | − | |
| 文部科学省 | （独）国立女性教育会館 | ヌエック | |
| 文部科学省 | （独）国立青年の家 | − | |
| 文部科学省 | （独）国立少年自然の家 | − | |
現業
| 省庁 | 独立行政法人名 | 団体略称 | 備考（旧名称等） |
|---|---|---|---|
| 内閣府 | （独）駐留軍等労働者労務管理機構 | LMO | |
| 財務省 | （独）造幣局 | − | |
| 財務省 | （独）国立印刷局 | − | |
| 文部科学省 | （独）大学入試センター | − | |
| 経済産業省 | （独）日本貿易保険 | NEXI | |