劇場公開版と完全版

完全版（１２０分）とは、１９９１年末に富野由悠季監督の指揮のもと「劇場公開版」（１１５分）をベースに大幅改革を行ったバージョンである。
改定内容は、フィルム総巻数：全８Ｒ（ロール）中、Ｒ１～６に一部修正カットの差し替え、Ｒ７、８のみに新作カット（総尺：約５分）を追加した再編集及び音声の最ダビングとなっている。

ＤＶＤ版は、メニュー画面から選択することで２種類のバージョンを楽しむことができる。ただし、Ｒ１～６パートはネガ原版から改訂したため、厳密な意味での「劇場公開版」は現存しない。

ＣＨＥＣＫ　１
殺戮兵器バグがフロンティアⅠ内の人間を掃討するシーンでは、新作カットで恐怖感を増大させている。
建造物破壊の他一般住居に進入して、おびえる親子を一瞬で抹殺するカットなど、機械による無慈悲なイメージが強化された。

ＣＨＥＣＫ　２
劇場公開版では、バグとの戦闘はいきなりビルギット機との交戦からはじまる。
完全版では、シ－ブック、セシリー機と編隊を組み、降下するカットから、相当数の戦闘が追加され、まったく印象の異なるシークエンスとなった。

ＣＨＥＣＫ　３
ラフレシア発進シーンは、劇場公開版には存在せず、いきなり戦闘空域に出現する構成をとっていた。
完全版では、戦艦ザムス・ガルの艦底部からラフレシアが離脱していくくだりがもとの絵コンテ通りに戻された。

ＣＨＥＣＫ　４
クライマックスのセシリー発見シーン。
ノーマルスーツで回転しながら近づいていくシーブックに関して、アップだけではなく、引きの絵も追加されて、二人の位置関係があらためて明確になった。